在中国的公务员体系中，职务层次是一个重要的组成部分。其中，“二级主任科员”属于职级序列中的一个级别，而“正科”则是职务序列中的一个职位。两者虽然都与科级干部相关，但它们在概念上有所区别。

“正科”指的是正科级领导职务，比如某部门的科长或主任等。这类职务主要负责部门的具体业务工作和日常管理，属于直接参与决策和执行的岗位。正科级干部通常需要具备较强的组织协调能力和业务能力，能够带领团队完成上级下达的任务。

而“二级主任科员”则是职级序列中的一种，它属于综合管理类公务员职级序列中的一个级别，类似于非领导职务。职级晋升更侧重于个人的工作业绩、专业技能和资历积累，而非直接的管理职责。因此，从本质上讲，“二级主任科员”并不等同于“正科”。

总的来说，两者的主要区别在于，“正科”强调的是领导职务，意味着承担具体的管理工作；而“二级主任科员”则是一种职级，更注重个人的专业能力和工作表现。当然，在实际工作中，这两者之间也可以存在一定的关联，例如，在某些情况下，具备一定职级的公务员也可能被任命为相应的领导职务。不过，这需要根据具体单位的实际情况来定。