皮卡丘哭泣的情景确实出现在《宠物小精灵》系列的多个剧场版中，但最著名的一次是在2001年上映的《宠物小精灵：结晶塔的小守护神拉帝亚斯与拉帝欧斯》（日语原名：ポケモン・ザ・ムービー3 ラティアスとラティオス）。在这部电影中，主角皮卡丘经历了一系列情感波动，包括恐惧、悲伤和勇气。其中最令人印象深刻的场景之一就是皮卡丘在面对强大的对手时流下了眼泪。这个情节不仅展示了皮卡丘的脆弱面，也强调了友情与勇气的重要性。

这部电影不仅仅是一场视觉盛宴，它还通过细腻的情感描绘触动了许多观众的心弦。皮卡丘哭泣的画面成为了该系列中的经典瞬间，展现了角色之间深厚的情感联系，以及面对困难时所展现出的勇气和坚持。这一幕不仅让孩子们感受到了成长过程中的挑战与泪水，也让成年观众回忆起了自己曾经的梦想与坚持。因此，《宠物小精灵：结晶塔的小守护神拉帝亚斯与拉帝欧斯》不仅是宠物小精灵粉丝们心中的佳作，也是所有年龄段观众心中不可磨灭的记忆。