车辆合格证是证明一辆汽车符合国家相关法规和技术标准的重要文件，它是汽车合法上路的必要条件之一。车辆合格证的保管问题通常涉及到车主、经销商和车管所等多方，但具体由谁保管取决于车辆购买的具体流程和协议。

一般来说，在新车销售过程中，经销商会将车辆合格证交给消费者作为购车手续的一部分。此时，车辆合格证由车主自行保管。但是，为了防止在贷款购车时车辆被非法过户，一些金融机构可能会要求暂时保管车辆合格证，直到贷款还清为止。在这种情况下，车主需要与银行或金融机构协商，了解具体归还时间，并确保按时赎回合格证。

此外，在某些地区，为防止车辆在未缴纳购置税、保险费等费用前就上路行驶，车管所也可能会暂时保管车辆合格证。这种情况多见于旧车交易或车辆过户时。一旦所有必要的手续完成，车管所就会将合格证返还给车主。

综上所述，车辆合格证的保管权主要在于车主手中，但在特定条件下，如贷款购车、车辆过户等环节，可能会由金融机构或车管所暂时保管。车主应当妥善保管好自己的车辆合格证，以免影响到日后的车辆使用。同时，在遇到特殊情况需要其他机构暂时保管合格证时，要清楚了解保管期限及赎回条件，以便及时取回。