《拳皇》系列作为经典格斗游戏，拥有丰富而复杂的剧情。故事围绕“三神器”——草薙之剑、八咫镜和八尺琼勾玉展开，这些神器象征着力量与平衡。主角草薙京继承了草薙家族的血统，肩负着对抗邪恶势力的使命。

故事始于“大蛇篇”，大蛇一族企图通过吸收人类能量来复活，引发了一系列灾难。草薙京、八神庵和不知火舞等人组成联盟，历经艰难险阻最终击败了大蛇及其手下。然而，这只是序幕。

随后，“饿狼传说篇”中，吉斯·霍华德的崛起再次打破了世界的和平。他利用自己的组织制造混乱，试图称霸世界。草薙京与其展开了激烈对决，最终将其击败，但代价是自身力量的巨大消耗。

进入“拳皇篇”，随着草薙家族秘密逐渐被揭露，更多神秘人物登场。其中最引人注目的是宿敌卢卡尔，他妄图通过获得三神器的力量统治世界。经过多次交锋，草薙京终于战胜了这个强大的对手，但也因此失去了记忆。

整个系列贯穿了正义与邪恶的较量，以及个人成长的主题。每个角色都有独特的背景和动机，使得整个故事更加立体生动。同时，作品也探讨了人性、责任等深刻话题，在娱乐性之外赋予了更深的意义。