在数码世界的一角，有一个被遗忘的小村庄——樱花村。这里四季如春，但最近却笼罩着一层诡异的阴影。传说中的“暗黑之花”悄然绽放，它不仅吞噬了村民们的希望，还开始侵袭数码宝贝们的心智。

主角小悠是一位普通的少年，他与忠诚的搭档暴龙兽一起守护着这片土地。然而，“暗黑之花”的力量太过强大，连暴龙兽也逐渐迷失自我。面对这一危机，小悠决定寻找传说中能够净化一切邪恶的圣光水晶。

旅途中，他们遇到了失去记忆的机械暴龙兽，以及总是带着神秘微笑的花仙兽。三人结伴而行，在探索的过程中揭开了“暗黑之花”背后的真相：原来这一切都是被遗弃的数据病毒所为，它们渴望通过腐蚀生命来获得新的存在意义。

最终，在伙伴们的共同努力下，小悠唤醒了沉睡于每个人心中的光明之心，并借助暴龙兽的勇气和智慧成功摧毁了“暗黑之花”。村庄恢复了往日的宁静，而那些曾经迷失的数码宝贝也在爱与信任的力量下重新找回了自我。

故事结束时，小悠站在樱花树下，望着天空中飞翔的数码宝贝们，心中充满了对未来的憧憬与期待。他知道，只要大家团结一心，就没有克服不了的困难。