在一个静谧的夜晚，月光洒在东京湾畔的一座古老别墅上。这栋建筑曾是知名企业家山田一郎的私宅，如今却因他的神秘失踪成为众人瞩目的焦点。毛利小五郎接到了一封匿名信，邀请他来此调查案件。带着疑问和好奇心，他与工藤新一（即柯南）一同前往。

别墅内弥漫着一种压抑的气息，空气中似乎还残留着主人离去前的慌乱。经过初步勘查，柯南发现了一张泛黄的地图，上面标注着几个关键地点，并画有一个问号。这张地图引起了柯南的注意，他推测这可能是解开谜团的重要线索。

随着调查深入，他们得知山田一郎最近正准备投资一项环保项目，但该项目的可行性报告却引发了内部争议。原来，山田一郎的商业伙伴中有人试图篡改数据以获取非法利益，而山田本人则坚持揭露真相。这种行为显然触怒了某些人，也使得他成为潜在的目标。

深夜，柯南独自一人来到地图上的标记地点——一间废弃的小屋。在那里，他找到了一段隐藏的录音带，里面记录了山田一郎与反对派之间的激烈争论。录音最后戛然而止，而山田的声音消失在一片嘈杂声中。结合现场留下的蛛丝马迹，柯南推断出真正的幕后黑手竟然是山田一郎最信任的秘书！

第二天清晨，柯南将证据呈交给警方，同时揭穿了秘书伪造账目并威胁山田一郎的罪行。最终，在法律的制裁下，正义得到了伸张，而山田一郎也安全归来。这场发生在月光下的谋略，终于迎来了圆满的结局。