在党的组织体系中，纪律审查是确保党员遵守党纪国法的重要环节。《中国共产党纪律处分条例》明确指出，党组织在纪律审查中若发现党员存在违纪行为，将依据情节轻重给予相应的处理，旨在维护党的纪律，保持党的纯洁性和先进性。
当党组织在纪律审查过程中发现党员有违反党纪的行为时，首先会根据具体情况，如违纪性质、情节轻重等，确定是否需要进一步调查。一旦确认存在违纪事实，党组织将按照规定程序，对涉事党员进行批评教育、诫勉谈话、组织处理或纪律处分。这些措施旨在帮助违纪党员认识到错误，并改正错误，同时也起到警示其他党员的作用，防止类似问题的发生。
值得注意的是，对于党员的纪律处分并非终点，更重要的是通过这一过程促使党员自我反省，加强自身建设，提高思想觉悟，从而更好地为人民服务。同时，这也体现了党纪面前人人平等的原则，无论是普通党员还是领导干部，一旦违反党纪，都将受到公正处理，这有助于增强党内监督的有效性，促进党风廉政建设。
总之，党组织在纪律审查中发现党员有违反党纪的行为时，采取的一系列措施不仅是对违纪党员的教育和惩戒，更是为了维护党的纪律，保持党的先进性和纯洁性，推动全面从严治党向纵深发展。
